分子遺伝学に関するよくある質問

お客様のアカウント
Q:

はじめてサービスを利用します。アカウントはどのようにして設定できますか？
A:
当社のホームページ（www.genewiz.jp）の右上には、新規アカウントを設定するための「登録」リンクがあります。このリンクをクリックすると、ログイン名（ご自身の電子メールアドレス）とパスワードを設定できます。この操作は数分ほどで完了します。その後、アカウントをアクティブ化するための電子メールが送信されます。この電子メールに記載されているリンクをクリックするだけで、アカウントがアクティブ化されます。これで、ご自身の電子メールと先ほど作成したパスワードで、アカウントにログインできるようになります。これで、初回注文をする準備が整いました。
Q:

注文にはどれくらいの費用がかかりますか？
A:
DNAシーケンシングに関しては、一部のアカウントにおいて発注プロセスの段階で価格が表示されます。このような機能のアクティブ化を望まれる場合は、GENEWIZの販売役員にご連絡のうえ、そちらの施設でこのようなサービスがご利用になれるかお尋ねください。お見積もりについては、販売役員にお問い合わせください。もうひとつのオプションとして、発注を終えた後、GENEWIZに連絡して注文ごとに価格を確認することも可能です。

はじめてのご注文の場合、お持ちのアカウントにGENEWIZの定価が表示される場合があることにご留意ください。アカウントが施設と適宜にリンクされれば、施設特有の価格をご利用になれます。注文時の価格についてのご質問は、Sanger.Japan@genewiz.comまたは現地の販売役員にお寄せください。


Q:

米国外からも、アカウントを取得してサンプルを提出できますか？
A:
はい、GENEWIZは世界中のお客様を歓迎します。新しくオンラインアカウントを作成する際に、州についての入力欄がありますが、米国外の国にお住まいの方は、ドロップダウンメニューで「その他」をお選びください。その後、都市と郵便番号を正確に入力してください。他のフィールドはすべて規定どおりに入力されます。新しいオンラインアカウントの設定時に、利用可能なオプションからお住まいの国をお選びください。ご質問や不明な点については、弊社までお問い合わせください。
Q:

GENEWIZのメリットは何ですか？
A:
GENEWIZは、お客様重視の戦略で卓越した業務を実現している企業です。私たちは短い納期、特殊専門知識、競争力のある価格、親身な顧客サポートといった価値を組み合わせて提供することで、遺伝子合成をはじめとする、DNAシーケンシング / 分子生物学サービス業界のリーダーとなりました。そして現在もお客様の利便性を念頭に、最良の結果をご提供できるようイノベーションを起こし続けています。

DNAシーケンシングに向けたサンプルの提出

Q:

Pre-Mixed、Pre-Defined、カスタムの違いは何ですか？
A:
すでにガイドラインに従ってサンプル濃度を調整され、お客様独自のシーケンシングプライマーを加えられた場合、またはGENEWIZの無料ユニバーサルプライマーのいずれかをご希望の場合は、「Pre-Mixed」をお選びください。

すでにガイドラインに従ってサンプル濃度を調整されたけれども、（個別のチューブで供給された）お客様のプライマーの追加をGENEWIZに依頼される場合は、「Pre-Defined」をお選びください（少額の追加料金が発生する場合があります）。

GENEWIZにサンプル濃度の調整と、お客様のプライマーの追加を依頼される場合は、「カスタム」をお選びください（追加料金が発生する場合があります）。

細菌コロニー、グリセロールストック、ファージからのシーケンシングを依頼される場合、または未精製のPCRテンプレートを提出される場合は、「カスタム」をお選びください。
Q:

サンプルをどのように手配すれば、良質のDNAシーケンシング結果を得ることができますか？
A:
大半の反応においてシーケンシングをスムーズに行えますが、好ましくない結果が生じるのを防ぐため、回避すべき状況もいくつかあります。シーケンシング結果を最適化するためのガイドラインを以下に記します。 

1.)DNAシーケンシングに向けたサンプル提出ガイドラインにしっかり従います。DNAとプライマーの比率が最適でないと（準最適の場合も含む）、質の悪い結果が生じることがよくあります。 

2.)プライマーがテンプレートにしっかりと結合していることを確認します。プライマーの結合が不十分だと、期待外れの結果につながる可能性があります。シーケンシングプライマーの長さはおよそ18～24塩基に、融点（Tm）は56～60度にします。GC含有はおよそ45～55%にします。これは、18～24塩基から成るプライマーを56～60度のTmで取得する場合に必要な値です。 

3.)抑制汚染物質を避けます。塩、EDTA、アルコール、タンパク質、RNA、洗剤、セシウム、フェノールは、低質の反応または反応の失敗を引き起こす可能性のある最も一般的な汚染物質に数えられています。 

4.)必ず適切なプロトコルを選択します。テンプレート（ヘアピンやGCリッチなど）の中には、特殊プロトコルによって良好なシーケンシング反応が確実に生じるものもあります。当社は、難しい領域にも非常に効果的に作用する代替プロトコルを追加料金でご提供しています。これらのプロトコルは、オンライン提出フォームの「特別リクエスト」セクションでお求めになれます。

Q:

どのような種類のDNAテンプレートをシーケンシングできますか？
A:
プラスミド、PCR産物、細菌のクローン（コロニーまたはグリセロールストック）、ファージ上清、BAC DNAのシーケンシングが可能です。
Q:

どれくらいの量のDNAとプライマーを発送する必要がありますか？
A:
DNAシーケンシングに向けたサンプル提出ガイドラインにしっかり従ってください。
Q:

DNAの濃度はどのようにして特定しますか？
A:
NanoDropなどの分光光度計を用いて、DNAの濃度と、それに伴う260/280および260/230の比率を確認するよう推奨します。また、少量のDNAを充填し、既知の濃度のマーカーと共に検査にかけることで、アガロースゲル上のDNA濃度を推測することもできます。
Q:

提出するサンプルが8つに満たない場合でも8連チューブを使用できますか？
A:
はい。未使用のチューブを切り離しておけば、次回の提出に使用できます。あるいは、サンプルが含まれるチューブにのみラベルを付けたうえで8連チューブ全体を発送してください。
Q:

非常に短い（100 bp）PCRでもシーケンシングできますか？
A:
少なくとも200 bp（500 bp以上が理想的）のPCR産物に対してシーケンシングを行うよう強く推奨します。
Q:

どのようなユニバーサルプライマーが用意されていますか？
A:

当社ではこれらの無料ユニバーサルプライマーをご提供しています。どのユニバーサルプライマーがお客様の構造体に結合するかが不明な場合は、当社のユニバーサルプライマー選択ツールをご利用ください。お客様のFASTA配列をボックスにコピー＆ペーストするだけで、テンプレートに結合するプライマーがツールによって示されます。ユニバーサルプライマー選択ツールは、www.genewiz.comアカウントのホームページからアクセスできます。

Q:

GCリッチで増幅が難しいシーケンスにも対応してもらえますか？
A:
はい。GENEWIZは独自に開発したプロトコルを用いて、GCが豊富に含まれる数々のテンプレートに加え、ヘアピンといった、作業の妨げとなる他の二次構造を持つテンプレートのシーケンシングを成功させてきました。シーケンシングに関する指示を記される際に、「特殊プロトコル」の列で当社独自のプロトコルをいずれかひとつお選びください。追加料金が発生します。
Q:

サンプルはどれくらいの期間にわたって保管されますか？
A:
お客様のDNAサンプルは、特にご指示がない限り、1週間は保管いたします。お送りになったDNAまたはプライマーが将来の注文で再び必要となる場合は、注文の「コメント」欄にその旨を記してください。「DNAまたはプライマー、あるいはその両方を将来的な注文のために保管すること」と記していただければ、DNAは1か月間、プライマーは最長1年間保管いたします。
Q:

現在使用しているベクターに、ユニバーサルプライマーの結合部位が含まれていることをどのようにして確認できますか？
A:
どのユニバーサルプライマーがお客様の構造体に結合するかが不明な場合は、当社のユニバーサルプライマー選択ツールをご利用ください。お客様のFASTAシーケンスをボックスにコピー＆ペーストするだけで、テンプレートに結合するプライマーがツールによって示されます。ユニバーサルプライマー選択ツールは、www.genewiz.jpアカウントのホームページからアクセスできます。
Q:

サンプルのPCRクリーンアップを実施するには何を提出する必要がありますか？
A:
未精製のPCR産物をプライマーと共に、個別のラベル付きウェルチューブに入れてお送りください。また、ゲルの画像とゲルへの充填量も添えてください。必ずサービスの種類として「カスタム」を選択し、注文の送信時に「特別リクエスト」の列で「PCRクリーンアップ」をお選びください。こちらでクリーンアップを実施し、ゲル画像に基づいてシーケンシング反応を最適化いたします。
Q:

サンプルを一括して提出する場合、どのような種類の96ウェルプレートを使用する必要がありますか？
A:
PCRプレートおよびキャップのブランドは問いません。ただし、プレートの充填は必ずカラムまたは垂直方向に行ってください。以下に挙げるようなプレート / キャップの組み合わせで、しっかり密封することができです。 

Nunc（Fisher経由で取得）：96ウェルPCRプレート：12-565-536、12-566-133、12-566-134 キャップ：12-565-810、12-575-123 

Nunc（VWR経由で取得）：96ウェルPCRプレート：73520-694、83009-280、73520-696 キャップ：73521-364、73521-066 

米国特有のプレート：1402-9400、1402-9600、1402-9700 キャップ：1400-0800、1400-3800 

ABIプレート：4306737 キャップ：4323032

Q:

8連チューブにはどのようにラベルを付けますか？
A:
オンライン注文フォームで生成されたチューブIDをチューブの側面に記します。チューブIDは、ご自身のイニシャルとチューブ番号で構成されています。以下の図を参照してください（たとえばGENEWIZからサンプルが提出される場合、IDは図のように「GW01-GW08」となります）。Jane Doeさんがサンプルを提出する場合、チューブIDは「JD01 – JD08」となります。
DNAシーケンシング結果

プライマーについて

Q:

シーケンシングに向け、プライマーをどのように設計すればよいですか？
A:
GENEWIZでは、関心のあるシーケンスの100塩基上流の領域に対して、シーケンシングプライマーを設計するよう推奨しています。このような余裕を持たせられない場合は、関心領域から最も近くて50～60塩基の位置にプライマーを適用します。これ以上近付けると、関心領域を逃してしまうリスクが発生します。プライマーの長さはおよそ18～24塩基に、融点（Tm）は56～60度にします。GC含量はおよそ45～55%にします。オリゴヌクレオチド合成サービスを提供しているベンダーの多くは、プライマー配列を入力して、そのTm、GC含有、ホモ二量体化を調べるためのソフトウェアを用意しています。オリゴヌクレオチドの純度に関しては、シーケンシングにおいて必要とされる唯一の作業は脱塩です。
Q:
プライマーを代理で注文・保管してもらえますか？
A:
はい。私たちはお客様のためにプライマーを注文し、後で追加料金として請求させていただきます。「シーケンシングプライマー」注文フォームに、お使いになっているプライマー名と配列を記入してください。GENEWIZは、お客様のご要望で注文したプライマーを最長で6か月まで保管いたします。お客様がGENEWIZにお送りいただいたプライマーのストックも、ご要望に応じて保管いたします。
Q:
プライマーを代理で設計してもらえますか？
A:
プライマーの設計は、GENEWIZのプライマーウォーキングサービスに含まれています。当社のプライマーウォーキングチームが、プライマー設計、サンガーDNAシーケンシング、データ解析・アライメント、レポート生成をはじめとする、サンガーシーケンシングのニーズを満たす完全なサービスソリューションをご提供します。プライマーウォーキングチーム（primerwalking@genewiz.com ）に直接お問い合わせのうえ、今後のプロジェクトについてご相談ください。

トラブルシューティング

Q:

シーケンシングの結果に問題がある場合はどうすればよいですか？
A:
注文に関連して何らかの問題が発生している場合は、当社の博士号レベルの担当者が無料でトラブルシューティングのお手伝いをいたします。アゼンタまでお電話いただくか電子メール（DNASeq.JP@azenta.com）にてお問い合わせください。
Q:

ポリA/T領域の存在によってシーケンスの質が低下するとは、どういうことですか？
A:
ポリメラーゼがホモポリマー領域（配列内のポリAやポリTなど）に接触すると、酵素がスリップすることで、結果として非特異的または低質のシーケンスが生じることがよくあります。このような場合、通常は反対側にシーケンシングすることで、欠損しているシーケンスデータを取得するよう推奨しています。
Q:

長いプライマーを使用しているのですが、好ましい結果が得られません。なぜでしょうか？
A:
長いプライマーは融点（Tm）が高く、シーケンシング反応中にDNAテンプレートにしっかりとアニールされないため、満足のいく結果を得ることができません。当社のユニバーサルプライマーを使用するか、長さが18～24塩基、そしてTm が56～60度のプライマーを独自に設計されるよう推奨します。
Q:

PCRプライマーをシーケンシングに使用しましたが、うまく機能しませんでした。なぜですか？プライマーの劣化が問題なのですか？
A:
プライマーの劣化が問題の原因となることもありますが、お客様のPCRプライマーはPCR反応には適しているけれども、シーケンシング反応には不向きであるという可能性も考えられます。シーケンシングプライマーについては、長さはおよそ18～24塩基に、融点（Tm）は56～60度に設定するよう推奨しています。シーケンシング反応においては通常、PCRプライマーが長くなるほど結果の質が低下します。また、すべてのPCRプライマーがシーケンシングプライマーとして効果を発揮するとは限りません。お客様のPCRプライマーでは良好なシーケンシング結果が出ない場合は、シーケンシングプライマーとしてネスト化プライマーを設計するようお勧めします。

規制DNAシーケンシングサービス

Q:

GLP（優良実験所規範）に順守していますか？
A:
GENEWIZの品質システムは、連邦規則集の第21巻、パート58に記載されている関連FDA GLP規制、ならびに同規則集の第40巻、パート160に記載されているEPA GLP規制に順守するよう開発されています。当社は、GLP DNAシーケンシングおよびGLPレベルの分子生物学プロジェクトといった、GLPサービスをご提供しています。詳しくは、お電話（048-483-4980）または電子メール（Business.Japan@genewiz.com）でお問い合わせください。
（GLP準拠サービスは、アメリカラボが対応）