分子遺伝学 (PCR + Sanger) サービスに関してよく寄せられる質問

DNA/RNA 抽出サービス

Q:
どのような種類のサンプルを提出できますか？
A:
新鮮凍結組織、FFPE、細胞ペレット、血液、血漿、血清、糞便、唾液、土壌 といったあらゆるタイプのサンプルを承ります。提出条件などの詳細は、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
感染性 / 病原性のあるサンプルを送ることはできますか？
A:
実験分類 1もしくは2相当、BSL2の拡散防止措置レベル以下の環境で取扱う事の出来るサンプルのみ受入が可能です。また、特定第一種、二種、三種病原体の受入は拒否させていただいております。特定第四種病原体に関しては社内で対応を協議し回答させていただきます。上述の条件に該当している場合でも、受入れをお断りさせていただく場合があります事、予めご了承ください。
Q:
抽出産物の品質を確認したい場合はどうすれば良いですか？
A:
弊社では「Nanodrop、Qubit Fluorometer、TapeStation」の3種類のレポートを提供する事が出来ます。各レポートの参考価格等の詳細は、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
どの程度の収量が期待できますか？
A:
組織や細胞の種類によっても収量は変化します。一般的に1×10^6個の細胞や100µlの血液から1-2µgのDNAを得ることができます。収量の保証はできかねますので、貴重なサンプル等の場合はご留意ください。
Q:
「抽出方法の指定」や「特定製品を使用した抽出」を依頼する事はできますか？
A:
可能です。弊社にストックのない製品をご指定の場合は、抽出費用に関して変更が生じる場合がございます事、予めご了承ください。

gDNA/cDNA 配列検証サービス

Q:
gDNA/cDNA 配列検証サービスとは何ですか？
A:
PCRとサンガーシーケンスを組み合わせた解析を実施し、指定範囲の遺伝子配列情報を同定いたします。同定した配列情報は、リファレンス配列に対する変異の有無等の解析を含めたレポート形式で納品されます。
Q:
どのような種類のサンプルを提出できますか？
A:
gDNA、RNA、cDNA、新鮮/凍結組織、FFPE、細胞ペレット、血液/血漿/血清、口腔スワブ、唾液、微生物コロニーといったあらゆるタイプのサンプルを承ります。提出条件などの詳細は、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
プライマーデザインを依頼する事はできますか？
A:
はい、可能です。対象領域の遺伝子、転写産物に関する情報やリファレンス配列情報を見積依頼時にご提供ください。また、複数の領域や転写産物をターゲットとする場合は、その情報を合わせてご提供ください。
Q:
私が用意したプロトコルに従い実験を実施していただけますか？
A:
はい、可能です。その場合、弊社の環境で再現可能か条件検討費用を頂き、検証実験を行う必要があります。詳細は、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
目的領域にフランキング配列がない場合、どのようにプライマーはデザインされますか？
A:
提供された配列情報の5′ または3′ 末端に近い配列を用いプライマーをデザインいたします。フランキング配列がない場合、設計位置により末端情報が失われる可能性がある事、予めご了承ください。
Q:
検証サービスの内容でゲノム内の位置情報を特定することは可能ですか？
A:
いいえ、弊社ではゲノムウォーキングサービスを提供していません。本サービスでは、指定領域配列以外の情報/解析データは含まれません。位置情報の特定をご希望の場合は、「 全ゲノムシーケンシング (次世代シークエンシングサービス)」等で対応できる場合がございます。詳細に関しましては、弊社宛のメール (NGS.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
納品物の詳細を教えてください？
A:
サンガーシーケンスのRawデータ (ab1, seq file)、解析レポートを納品いたします。
Q:
解析レポートの内容を教えてください？
A:
解析レポートには、「プロジェクトで使用されたプライマー情報」、「目的領域のコンセンサス配列情報」、「リファレンス配列を基にした変異解析情報」が含まれます。

SNP/変異同定サービス

Q:
SNP/変異同定サービスとは何ですか？
A:
PCRとサンガーシーケンスを組み合わせた解析を実施し、指定領域のSNP (一塩基多型) や変異を同定いたします。
Q:
どのような種類のサンプルを提出できますか？
A:
gDNA、新鮮/凍結組織、FFPE、細胞ペレット、血液/血漿/血清、口腔スワブ、唾液、微生物コロニーといったあらゆるタイプのサンプルを承ります。提出条件などの詳細は、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
プライマーデザインを依頼する事はできますか？
A:
はい、遺伝子名やRefseq ID、生物種等のターゲット情報を提供ください。テキスト情報として「200b 程のフランキング領域を含んだリファレンス配列」を提示いただく事でも設計可能です。
Q:
私が用意したプロトコルに従い実験を実施していただけますか？
A:
はい、可能です。その場合、弊社の環境で再現可能か条件検討費用を頂き、検証実験を行う必要があります。詳細は、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
Azentaでデザイン可能なPCRアンプリコンのサイズはどの程度の大きさですか？
A:
通常は500bp前後のアンプリコンが得られるよう実験をデザインします (※FFPEサンプルの場合は200bp前後でデザインされます)。追加費用をいただく事で、より長いサイズの解析も承りますので、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
FFPE由来のPCRアンプリコンサイズがスタンダードサンプル由来のものに比べ短くなるのはなぜですか？
A:
一般的に、ホルマリン固定によりDNA / RNA / タンパク質のアミノ基間でクロスリンク (架橋) が生じることが知られています。過剰なクロスリンクは核酸の断片化や酵素反応阻害等を促進させます。固定時間によってクロスリンクの密度が変わる為、サンプル毎に核酸の状態が変化します。核酸の断片化等が進んだサンプルでは、プライマーセットで挟んだ領域が分解されている場合があり、通常サンプルより短い範囲での解析が推奨されます。
Q:
スタンダードサンプル由来の想定サイズが500bp程度となっていますが、より長い範囲の変異を同定できますか？
A:
はい、追加費用をいただく事で、より長いサイズの解析を承ります。サンガーシークエンスでカバーできる範囲 (最長1,000bp) を超える場合は、データのカバレッジが取れないため追加のシーケンスが必要となります。どの程度の品質が必要かといった打合せを実施いたしますので、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) もしくはWeb注文時のオーダーコメントにて希望条件をご連絡ください。
Q:
納品物の詳細を教えてください？
A:
双方向のサンガーシーケンスを実施します。 Rawデータ (ab1, seq file)、解析レポート (Option) を納品可能です。
Q:
依頼したプロジェクトに「解析レポートオプション」を追加した場合、どのようなものが納品されますか？
A:
通常のレポートではヌクレオチドレベルでの変異が示されます。また、追加費用をいただく事で、アミノ酸配列に変換したレポートの納品が可能です。
Q:
提出したサンプルの返送は可能ですか？
A:
はい、可能です。手数料を含め、冷蔵便での返送は5,000円 (税抜)、冷凍便での返送は10,000円 (税抜) で承っております。

16S rRNA シーケンシングサービス

Q:
16S rRNA 遺伝子シークエンスサービスとはどういったサービスですか？
A:
細菌の特定に適したサービスです。16s rRNA 遺伝子のV1 からV9までの全領域をカバーするサンガーシーケンスを実施いたします。
Q:
18S領域のシークエンスはできますか？
A:
アゼンタは、18S領域のサービスセットを提供していません。お客様にプロトコルを指定いただいた場合、カスタムプロジェクトとして解析をお受けする事が出来ます。カスタムプロジェクトに関する詳細は、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
どのような種類のサンプルを提出できますか？
A:
単一のコロニーから成るアガロースプレートや細胞ペレット、グリセロールストック、gDNAを受け入れることができます。土壌や水、糞便といったサンプルを用いた微生物叢の解析をご希望の場合は「16S MetaVx™メタゲノミクスシーケンシング (次世代シークエンシングサービス)」等で注文を承る事が出来ます。詳細に関しましては、弊社宛のメール (NGS.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
16S rRNA 遺伝子シークエンスサービスではどのようなプライマーを使用し解析を実施するのでしょうか？
A:
PCRアッセイにはユニバーサルプライマーを使用しておりますが、シークエンスプライマーは独自のものになります。プライマーの配列情報に関しては、非開示の情報となりますのでご了承ください。
Q:
16S領域のどの部位を確認できますか？
A:
16s rRNA 遺伝子のV1 からV9 までの全領域をカバーするサンガーシーケンスを実施いたします。
Q:
PCRアンプリコンのサイズを教えてください？
A:
1.5kb のPCR産物をサンガーシーケンスいたします。
Q:
複数種の細菌が混在する状態で解析はできますか？
A:
いいえ、サンガーシーケンスでは「単離された細菌」の解析のみ実施できます。複数種の細菌が混在する状態での解析をご希望の場合は「16S MetaVx™メタゲノミクスシーケンシング (次世代シークエンシングサービス)」等で注文を承る事が出来ます。詳細に関しましては、弊社宛のメール (NGS.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
納品物の詳細を教えてください？
A:
双方向のサンガーシーケンスを実施します。 Rawデータ (ab1, seq file)、Contigデータ、分類レポートを納品可能です。
Q:
細菌種の同定をアゼンタに依頼する事はできますか？
A:
はい、シークエンスデータのBLAST解析を実施し、最も近い細菌種を示す分類レポートを提供する事が出来ます。
Q:
このサービスを使用して酵母の種類を特定できますか？
A:
いいえ、酵母などの真菌種の同定を行いたい場合は、ITSシークエンスサービスをご利用ください。
Q:
提出したサンプルの返送は可能ですか？
A:
提出いただいたサンプルは原則として廃棄されます。返送をご希望の場合は、弊社宛のメール(Molgen.Japan@azenta.com)にて別途ご相談ください。

ITS シーケンシングサービス

Q:
ITSシークエンスサービスとはどういったサービスですか？
A:
カビや酵母といった真菌種の特定に適したサービスです。ITS r RNA 遺伝子の ITS-1及びITS-2 領域をカバーするサンガーシーケンスを実施いたします。
Q:
ITS領域をシークエンスする事で何が分かりますか？
A:
ITS領域は、カビや酵母といった真菌種の特定に使用される、最も一般的な領域となります。納品される配列情報データをBLAST解析する事で、真菌の種類を同定できます。
Q:
どのような種類のサンプルを提出できますか？
A:
単一のコロニーから成るアガロースプレートや細胞ペレット、グリセロールストック、gDNAを受け入れることができます。土壌や水、糞便といったサンプルを用いた微生物叢の解析をご希望の場合は「18S/ITR メタゲノミクス解析 (次世代シークエンシングサービス)」等で注文を承る事が出来ます。弊社宛のメール (NGS.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
ITSシークエンスサービスではどのようなプライマーを使用し解析を実施するのでしょうか？
A:
PCRアッセイにはアゼンタ独自で設計したプライマーを使用しております。プライマーの配列情報に関しては、非開示の情報となりますのでご了承ください。
Q:
ITS領域のどの部位を確認できますか？
A:
ITS r RNA 遺伝子の ITS-1及びITS-2 領域をカバーするサンガーシーケンスを実施いたします。
Q:
PCRアンプリコンのサイズを教えてください？
A:
600から800b 程度のPCR産物をサンガーシーケンスいたします。
Q:
複数種の真菌が混在する状態で解析はできますか？
A:
いいえ、サンガーシーケンスでは単離された真菌の解析のみ実施できます。複数種の真菌が混在する状態での解析をご希望の場合は「18S/ITR メタゲノミクス解析 (次世代シークエンシングサービス)」等で注文を承る事が出来ます。詳細に関しましては、弊社宛のメール (NGS.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
納品物の詳細を教えてください？
A:
双方向のサンガーシーケンスを実施します。 Rawデータ (ab1, seq file)、Contigデータ、分類レポートを納品可能です。
Q:
真菌種の同定をアゼンタに依頼する事はできますか？
A:
はい、シークエンスデータのBLAST解析を実施し、最も近い真菌種を示す分類レポートを提供する事が出来ます。
Q:
このサービスを使用して細菌種を特定できますか？
A:
いいえ、細菌種の同定を行いたい場合は、16S rRNA シーケンシングサービスをご利用ください。
Q:
提出したサンプルの返送は可能ですか？
A:
提出いただいたサンプルは原則として廃棄処理されます。返送をご希望の場合は、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) にて別途ご相談ください。

モノクローナル抗体シーケンシングサービス

Q:
モノクローナル抗体シーケンシングサービスとはどういったサービスですか？
A:
Bリンパ球およびハイブリドーマ細胞からのモノクローナル抗体 (ヒト、マウス、ラット由来) の可変領域および定常領域のクローニングおよび配列決定を実施いたします。「可変領域のみ」もしくは「可変+定常領域」の配列情報をレポート形式で納品いたします。
Q:
解析の依頼にあたってどのような情報の提供が必要になりますか？
A:
「可変領域のみの配列決定」をご希望の場合、事前に「定常領域のクラス情報」を提出いただいております。クラス情報が分らない場合は、別途費用をいただきPCRによる確認作業を実施する事も可能です。詳細に関しましては、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
どのような種類のサンプルを提出できますか？
A:
ハイブリドーマ細胞ペレット、RNAの提出が可能です。提出条件などの詳細は、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
納品物の詳細を教えてください？
A:
重鎖および軽鎖の可変 / 定常領域配列情報、アミノ酸配列解析レポート、V (D) J領域構造解析に関するレポートが納品されます。
Q:
抗体のクラス情報が分りません。Azentaでクラス情報を特定し、シークエンス解析を進めることはできますか？
A:
はい、クラス情報が分らない場合は、別途費用をいただきPCRによる確認作業を実施いたします。
Q:
モノクローナル抗体シーケンシングサービスでサブクラス情報を特定することはできますか？
A:
サブクラス情報を特定したい場合、「可変+定常領域」の解析をご依頼ください。
Q:
クラス情報の同定を依頼したい場合、培養上清等を追加で送る必要はありますか？
A:
いいえ、クラス情報の特定はPCRによって実施されるため、培養上清の提出は必要ありません。
Q:
対応可能な動物種を教えてください？
A:
ヒト、マウス、ラット由来のモノクローナル抗体を解析可能です。
Q:
見積書内の解析保障クローン数とは何ですか？
A:
配列を取得した際にタンパク質にならない配列を除外し、提示のクローン数を納品するものです。

定量PCRサービス

Q:
定量PCRサービスとはどういったサービスですか？
A:
リアルタイムPCRやqPCRと呼ばれる解析手法によってサンプル内の目的領域の存在量を計測し報告するサービスです。目的遺伝子の発現量やコピー数等の情報を確認する事が出来ます。
Q:
どのような種類のサンプルを提出できますか？
A:
gDNA、RNA、cDNA、新鮮/凍結組織、細胞ペレット、血液、口腔スワブといったタイプのサンプルを承ります。提出条件などの詳細は、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
感染性 / 病原性のあるサンプルを送ることはできますか？
A:
実験分類 1もしくは2相当、BSL2の拡散防止措置レベル以下の環境で取扱う事の出来るサンプルのみ受入が可能です。また、特定第一種、二種、三種病原体の受入は拒否させていただいております。特定第四種病原体に関しては社内で対応を協議し回答させていただきます。上述の条件に該当している場合でも、受入れをお断りさせていただく場合があります事、予めご了承くだ
Q:
どのような種類の解析に対応できますか？
A:
遺伝子発現量解析やジェノタイピング、コピー数解析、ウイルスのタイターチェック等のサービスを提供しております。マルチプレックスqPCRのようなカスタムアッセイにも対応可能ですのでご相談ください。
Q:
対応可能な蛍光検出システムを教えてください？
A:
TaqManアッセイ、SYBRアッセイ共に対応可能です。弊社では可能な限りTaqManアッセイを選択する事を推奨しております。
Q:
目的領域に特異的なqPCRアッセイのデザインを依頼する事は出来ますか？
A:
各ケースに合わせたアッセイをデザインし、ご提案いたします。
Q:
実験をデザインするにあたってコントロールはいくつ用意する必要があるのでしょうか？
A:
各実験により必要となるコントロール数は変動します。弊社では、遺伝子発現量解析の場合は、2種類のハウスキーピング遺伝子をコントロールとして用いることを推奨しております。また、ジェノタイピングの場合は、解析対象毎に3種類以上の既知のコントロールサンプルを用意し、プローブの検証を実施する事をお勧めしています。

CRISPRゲノム配列検証サービス

Q:
CRISPRゲノム配列検証サービスとは何ですか？
A:
PCRとサンガーシーケンスを組み合わせた解析を実施し、CRISPRやTALENといったゲノム編集技術によって改変を加えた遺伝子領域の配列を同定いたします。
Q:
どのような種類のサンプルを提出できますか？
A:
gDNA、RNA、cDNA、新鮮/凍結組織、FFPE、細胞ペレット、血液/血漿/血清、口腔スワブ、唾液、微生物コロニーといったあらゆるタイプのサンプルを承ります。提出条件などの詳細は、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
提出サンプルはカルタヘナ法で規制される遺伝子組換え生物等にあたりますか？
A:
作製の過程で選択した手法により異なります。細胞外で加工した核酸が移入する可能性があり、関連法令により生物と定義されるものについては、遺伝子組み換え生物等として取り扱う必要があります。対象生物なのか不明な場合は、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) にてお問い合わせください。
Q:
プライマーデザインを依頼する事はできますか？
A:
はい、可能です。対象領域の遺伝子、転写産物に関する情報やリファレンス配列情報を見積依頼時にご提供ください。また、複数の領域や転写産物をターゲットとする場合は、その情報を合わせてご提供ください。
Q:
私が用意したプロトコルに従い実験を実施していただけますか？
A:
はい、可能です。その場合、弊社の環境で再現可能か条件検討費用を頂き、検証実験を行う必要があります。詳細は、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
500bpを超える長さの解析は依頼できますか？
A:
はい、可能です。ターゲットとなる領域の長さにより追加費用が発生いたします。通常のサービスでは2x Coverage 分のデータを納品できるよう解析が進められますが、目的長により一部1x Coverageでのデータ納品となる場合がございます。2x Coverage 分のデータが必要な場合は、追加費用をいただく事で対応可能ですので、お気軽にご用命ください。
Q:
どのような場合にTAクローニングを実施する必要がありますか？
A:
「Complex INDEL」が予想される場合や、解析レポート確認後に追加解析が必要と判断される結果であった場合に、TAクローニングのオプションを選択する事が出来ます。詳細は、弊社宛のメール (Molgen.Japan@azenta.com) にてお気軽にお問い合わせください。
Q:
納品物の詳細を教えてください？
A:
サンガーシーケンスのRawデータ (ab1, seq file)、解析レポートを納品する事が出来ます。
Q:
解析レポートの内容を教えてください？
A:
通常のレポートではヌクレオチドレベルでの変異が示されます (Wild type、Heterozygous、Complex INDELの判定結果が示されます)。Complex INDELの配列情報が欲しい場合は、追加オプションとしてTAクローニングを実施し、配列を確認する必要があります (追加費用が発生します)。

 

分子遺伝学に関するよくある質問