サービスオプション
ストランド特異的RNA-Seq (Stand-specific RNA-Seq)
転写物がセンス・アンチセンス鎖のどちらのDNA鎖から転写されるかが区別されます。遺伝子発現をより正しく把握するため、ジーンウィズではこれを標準仕様にしております。mRNAを対象にしたpoly-A選択法（デフォルト）のほか、ノンコ―ディングRNAを含む全遺伝子の検出（small RNAを除く）や分解が進んでいるRNAを対象にしたrRNA枯渇法のオプションをご提供しております。
シングルセルRNA-Seq (Single Cell RNA-Seq)
1,000~10,000細胞のオーダーで、細胞個々を区別して遺伝子発現解析を行います。標準的なRNA-Seqが全細胞集団にわたる平均的な遺伝子の発現状態を検出するのに対し、シングルセルRNA-Seqでは、細胞集団の不均一性や希少細胞の同定が可能になります。 関連するアプリケーションとして、同一細胞でTCR/BCRの可変領域同定と遺伝子発現解析を行うシングルセルレパトア解析、オープンクロマチンの性状を同時に解析するマルチオームATAC＋発現解析などがあります。
空間的遺伝子発現解析 Stereo-seq
空間オミクス解析（Spatial Omics）は、空間位置情報を保持しながら組織上のオミクス データを取得する技術により可能になります。その技術のなかでも、空間的遺伝子発現解析（Spatial Transcriptomics）は、遺伝子発現プロファイリングと免疫組織化学の空間分解能を統合することにより、組織を新たな視点から観察することができます。この技術は、細胞間の相互作用や組織の不均一性、病原性、治療への応答を調べるのに有効です。
Stereo-seqは、サブセルラーレベルの超高解像度の空間的遺伝子発現解析手法です。直径0.22 µmという極小のDNA NanoBall (DNB)を、1センチ四方のチップ上に4億個という超高密度に配置することにより、1細胞以下の超高解像度を実現しました。polyA配列を捕捉する構造のため、全mRNAを検出対象としています。従来法（例 In Situ Hybridization）では難しかった網羅的な発現プロファイルを取得します。あらゆる動物種で適用できます。アゼンタは日本初の認証サービスプロバイダで、全工程を日本国内ラボにて実施します。
エピジェネティクス や シングルセル のソリューションと合わせ、アゼンタはあらゆる角度から遺伝子発現を研究するための最先端の技術を提供しています。従来法では困難だった、高解像度と全遺伝子網羅的解析を両立します。
STOmics技術による遺伝子発現プロファイリング
1. Stereo-seq チップ
直径220 nmのDNBを高密度に整列化したチップ
2. 切片のマウントと透過
10µm厚の切片をStereo-seq チップにマウントして透過処理
3. ライブラリ調製とシーケンシング
cDNAからライブラリ調製し、DNBSEQ次世代シーケンサーでシーケンシング
4. 空間的発現を解析
位置情報バーコードに従って遺伝子発現プロファイルを作成。染色したイメージと重ね合わせ、細胞マッピングも。
＊メーカ資料から転載・改変
デジタル空間プロファイリングの応用例
腫瘍学
- 腫瘍の不均一性、微小環境、がん幹細胞のプロファイルを解析
- 腫瘍浸潤リンパ球（TIL）を特定
免疫学
- 発現プロファイルから多様な免疫細胞腫を同定
- 正常時および罹病時の状態における免疫応答をプロファイリング
神経科学
- 神経細胞や幹細胞を背景状況に応じてプロファイリング
- 神経変性疾患における病理の特性を解析
病理学
- 正常組織や罹病組織における発現変動を多数の遺伝子について同時解析
- バイオマーカーの発見と特性解析
- 治療への応答を確認
特長と利点
認証サービスプロバイダー – 日本初のメーカー認証サービスなので解析成功まで導きます。Ph.D.レベルのカスタマーサポートが、ご依頼前のプロジェクト相談からアフターサポートまで、安心のサポートを提供します。
あらゆる動物種で – DNBがもつpoly d(T)配列またはランダム配列でRNAを捕捉するため、全mRNAが検出対象です。あらゆる動物種で適用できます。
超高解像度 – 220 nm径のDNBを500 nmのピッチで高密度に配置してmRNAを捕捉します。解析区画はグリッド（20BIN, 200BIN, …）でもCell segmentationによる細胞区画（Cell BIN）でもOK。
FFPE＆凍結試料を使えます – OCT包埋した凍結組織から切片を切り出します。2024年９月からいよいよFFPE試料にも対応します。
Webinar | Morphology Driven High-Plex Spatial Analysis of Tissue Microenvironments
In this webinar presented by Douglas Hinerfeld, Ph.D., Director of Product Applications at NanoString, learn how their novel GeoMx platform simultaneously analyzes dozens of proteins and transcripts with high spatial resolution, providing greater insight into biological systems and diseases across a variety of research areas.
Webinar Series | Advancing Transcriptomics: Gene Expression Screening, Single-Cell RNA-Seq, and Beyond
With this two-part webinar series, go beyond traditional transcriptomics and learn about the various NGS approaches available for gene expression analysis. In part 1, we take an in-depth look at various gene expression approaches, including RNA-Seq, single-cell RNA-Seq, digital spatial profiling, and more. In part 2, we explore the data generated from these approaches and how they can complement each other and confirm findings.
Webinar | Application of Spatial Genomics for High-Throughput and High-Plex Transcriptional and Proteomic Profiling
In this webinar first presented at Oxford Global’s Spatial Biology US: Online conference, learn about the power of spatial genomics as presenter David Corney, Ph.D. presents the use of digital spatial profiling in performing high-plex protein profiling of gastric cancer and high-throughput RNA spatial profiling of urothelial carcinoma utilizing the NanoString® GeoMx™ Digital Spatial Profiler.
Webinar | New Frontiers in Sub-Cellular Spatial Biology
In this webinar, learn how spatial biology technology enables discovery of unique findings as Dr. Andres Matoso from Johns Hopkins University discusses his research in sarcomatoid urothelial carcinoma and his unique findings utilizing Azenta’s digital spatial profiling (DSP) services.
