困難なテンプレートの代替プロトコル

代替プロトコルの利点を得られるテンプレートの例として、以下が挙げられます。

• GCリッチ： GC含量が60%を超えるテンプレート、または小さな領域に高GC含量が集中しているテンプレート
• ヘアピン構造： 2つの逆位反復（少なくとも3個のヌクレオチドによって分離）が含まれる配列
• 反復： 特定のジヌクレオチド反復またはトリヌクレオチド反復
• バンド圧縮の原因となるモチーフ 主に5′-YGN1-2ARモチーフ（Y：ピリミジン、R：プリン、N：任意の塩基）
• 細菌人工染色体（BAC）： サイズが50 kbを超えるあらゆる構造体

テンプレートの例

事例1：小ヘアピンRNA（shRNA）テンプレートシーケンシング

RNAiの研究で用いられる小ヘアピンRNAテンプレートは、その二本鎖またはヘアピン構造が原因で、シーケンシングにおける難題（早期停止や不明瞭性など）となることがよくあります。当社独自のRNAiプロトコルでは、お客様に優れた結果を生み出すことができるため、時間と費用の節約になります。比較として、以下のクロマトグラムをご覧ください。 

事例2：反復 / GCリッチテンプレートのシーケンシング

反復 /GCリッチテンプレートには特殊な二次構造が含まれており、融点も異なります。高GC含量およびヘアピン構造を含むDNAは変性が比較的難しく、非常に困難なシーケンシングとなります。 

当社独自のヘアピン / GCリッチプロトコルでは、シグナルを強化し、GC領域のピーク高を均一化させることで、優れた結果が生み出されます。