DNAシーケンシングに向けたサンプル提出ガイドライン
サンガーシーケンシングで最良の結果を出せるよう、可能な限りAzentaのサンプル提出ガイドラインに従うよう強く推奨します。ご質問がある場合には、弊社の技術サポートがお手伝をいたします。
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サンプル調製
DNAシーケンシング向けにサンプルを準備するには、以下の簡単なステップに従ってください。
- サンプルの数が48に満たない場合は、8連PCRチューブをご利用ください。チューブの側面には、お客様のイニシャルとサンプル番号を記載してください。サンプルの数が48以上の場合は、96ウェルPCRプレート（セミスカート推奨、対応する8連PCRチューブ用キャップ推奨）をご利用ください。なお、弊社オンラインオーダーシステムでは、垂直方向(A1からH1へ)がデフォルトとなっております。水平方向（A1からA12へ）での入力の場合は、サンプル情報入力欄の右上にあるプレートビューよりサンプル添加方向を適宜修正ください。詳しくは、「チューブとプレート」のセクションを参照してください。
- 水でシーケンシングプライマーを5 µM（pmol/µl）に希釈します。それぞれのシーケンシング反応につき5 µlが必要です。Azentaのユニバーサルプライマーをご利用になる場合は、こちらにて無償で追加いたします。ただし、シーケンシング反応ごとに1種類のプライマーしか使用されないことにご留意ください。シーケンシングに向けたプライマー設計に関するヒントについては、テクニカルノートのセクションを参照してください。
- 当社の各DNAシーケンシングサービス（Pre-Mixed、Pre-Defined、カスタム）に必要なテンプレートの量については、以下の表を参照してください。それぞれのシーケンシング反応につき、10 µlのテンプレートを用意します。水またはTrisで希釈物を作成してください。最適な結果を得るため、Tris-EDTA（TE）は使用しないでください。EDTAによってシーケンシング反応が阻害されます。
Pre-Mixed
以下の表に従って、同じチューブにテンプレート（10 µl）とお客様のプライマー（5 µl）を充填して混合します。 Azentaユニバーサルプライマーを使用するには、必要とされている濃度のテンプレート（10 µl）をお送りください。 PCR産物の精製に関するヒントについては、テクニカルノートのセクションを参照してください。
| DNAの種類 | DNAの長さ （ベクターを含む） |
テンプレート（10 μl）の濃度µl | テンプレート全質量 | お客様のプライマーの総容量（ピコモル） | 予混合容量* （テンプレート + お客様のプライマー） |
| プラスミド | <6 kb | ～50 ng / μl | ～500 ng | 25 pmol | 15 µl |
| 6～10 kb | ～80 ng / μl | ～800 ng | |||
| > 10 kb | ～100 ng / μl | ～1000 ng | |||
| 精製PCR産物 | <500 bp | ～1 ng / μl | ～10 ng | 25 pmol | 15 µl |
| 500～1000 bp | ～2 ng / μl | ～20 ng | |||
| 1000～2000 bp | ～4 ng / μl | ～40 ng | |||
| 2000～4000 bp | ～6 ng / μl | ～60 ng | |||
| > 4000 bp | プラスミドとして処理 | プラスミドとして処理 |
*Azentaユニバーサルプライマーをお使いになる場合、必要とされる量のテンプレート（10 µl）をお送りください。
Pre-Defined
以下の表に従って、別個のチューブにテンプレート（10 µl）とお客様のプライマー（5 µl）を充填します。PCR産物の精製に関するヒントについては、 テクニカルノートのセクションを参照してください。
| DNAの種類 | DNAの長さ （ベクターを含む） |
テンプレート（10 μl）の濃度µl | テンプレート全質量 | テンプレート容量（反応あたり） | お客様のプライマー濃度 µM（pmol/µl） | お客様のプライマー容量（反応あたり） |
| プラスミド | <6 kb | ～50 ng / μl | ～500 ng | 10 µl | 5 µM | 5 µl |
| 6～10 kb | ～80 ng / μl | ～800 ng | ||||
| > 10 kb | ～100 ng / μl | ～1000 ng | ||||
| 精製PCR産物 | <500 bp | ～1 ng / μl | ～10 ng | 10 µl | 5 µM | 5 µl |
| 500～1000 bp | ～2 ng / μl | ～20 ng | ||||
| 1000～2000 bp | ～4 ng / μl | ～40 ng | ||||
| 2000～4000 bp | ～6 ng / μl | ～60 ng | ||||
| > 4000 bp | プラスミドとして処理 | プラスミドとして処理 |
カスタム
このサービスでは、Azenta側でテンプレート濃度の特定、シーケンシングの最適化、プライマーの混合をいたします。 可能であれば、テンプレート濃度をお知らせください。
このオプションは、濃度が不明なプラスミドまたは精製PCR産物、未精製のPCR産物、細菌、環状ゲノムを持つファージ、BAC DNAをシーケンシングする際にお選びください。細菌、環状ゲノムを持つファージ、BAC DNAのシーケンシングについて詳しくは、「細菌とファージ」のセクションを参照してください。
| DNAの種類 | DNAの長さ （ベクターを含む） |
テンプレート（10 μl）の濃度µl | テンプレート全質量 （推奨） |
テンプレート容量（反応あたり） | お客様のプライマー濃度 µM（pmol/µl） | お客様のプライマー容量（反応あたり） |
| プラスミド | あらゆるサイズ | 不明 | 最低500 ng | 10 µl | 5 µM | 5 µl |
| PCR産物* | あらゆるサイズ | 不明 | 最低500 ng | 10 µl | 5 µM | 5 µl |
*未精製のPCR産物を提出される場合、精製PCR産物に必要とされるものと同じ量のDNAをお送りください。
プレミアムサービス
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Email: DNASeqJP@azenta.com
発送方法
宅配便にて下記までサンプルをお送りください。ドロップボックスというサンプル集荷サービスも一部地域で展開しております。詳細はお問い合わせください。
アゼンタ株式会社
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